故事发生在一片名为吉姆吉姆的大陆之上,魔王的重现令大陆的安危陷入了水深火热之中,为此,国王颁布的悬赏令,寻找能够打败魔王的勇者。完成任务的人,不仅能够得到巨额的奖金,还能够获得成为王子的殊荣。 仁杰(泷本富士子配音)在父亲的逼迫之下无奈踏上了讨伐魔王的旅途,临行之前,他按照族规去拜访了魔法婆婆(山本圭子配音),在魔法婆婆的安排下,能够使用咕噜咕噜魔法的少女歌莉(吉田古奈美配音)成为了仁杰的旅伴,和仁杰恰恰相反,歌莉对勇者的传说有着巨大的憧憬和幻想。就是这样两个性格迥异的人,他们启程了,一路上,会发生哪些有趣的故事,两人又会遇见怎样的同伴和敌人呢?。《海底小纵队第六季》是以海洋作为故事上演的舞台,动画主要讲述了八个可爱小动物组成的海底探险小队的故事。本季小纵队的成员们再次准备出发去解决海底及陆地的险情、排除潜在可能发生的危险。
海底小纵队以巴克队长为领导核心,集结了呱唧、皮医生、达西西、章教授、谢灵通、突突兔、小萝卜等团队成员,他们为小动物提供帮助与救援,完成海底小纵队“探险、拯救、保护”的使命。
海底小纵队第六季每一集动画都建立在一次探险的基础之上,小队成员发挥自己的特殊本领,克服险境,探索海洋奥妙,发现未知生物。。