柯南和小五郎等拉着大队,来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”度假。这座岛屿自古流传着关于沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”,及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传,在“海底宫殿”附近潜水时,意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人,不料其中一人突然遭鲨鱼攻击,不幸身亡!小兰和园子幸运逃难,柯南见那位猎人死状诡异,与灰原一起展开调查。
柯南认为猎人之死,跟宝藏传说有着很大的关系,他试图解开背后原因,“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger”后,猎人却突然现身,并偷走了原来发现的宝藏!小兰和园子落在猎人的魔掌之中,性命危在旦夕!隐藏于传说中的讯息是什么?“海底宫殿”有什么秘密?穿越300年时光的暗号,柯南誓要逐步解开谜题。。朱丽(井莉 饰)有过一段不幸的婚姻,丈夫周保罗(凌云 饰)是富家子弟,因与自已相爱而遭家庭抛弃。婚后,两人的生活清苦窘迫,保罗不得已身兼数职,以应付二人开销。不久,怀孕的朱丽辞去了超市的工作,在一次挤公车时,被人撞倒受伤流产。保罗心急如火,四处借钱未果,无奈之下,抢了富婆的钱送往医院,到医院后得知父亲(井淼 饰)已结了帐,夫妻俩满眼无奈。之后,保罗赴国外留学,这期间,朱丽又有身孕,怎奈保罗一别数年不归,渐渐长大的孩子常问朱丽爸爸在哪儿。圣诞夜,朱丽在酒吧邂逅一酷似保罗的海员罗威(凌云 饰),萌生了让他假扮儿子父亲的念头......。20世纪70年代,苏格兰警官豪伊( 爱德华·伍德华德饰)收到一封信,信中称苏格兰西海岸的一个小岛——夏岛上的女孩罗恩·莫里森失踪已久,并向他求助破案。豪伊来到夏岛展开调查,发现岛上的氛围十分怪异。居民们先说不认识这个女孩,后又表示女孩已死。但豪伊没有找到女孩的尸体。失踪女孩的去向愈发不明。案件真相越来越扑朔迷离。豪伊又惊讶地发现岛上的居民是一群并不信仰耶稣基督的异教徒。夏岛勋爵(克里斯托弗·李饰)更是似乎拥有极大的权力和声望。他们并不配合豪伊的调查。豪伊准备离开小岛时发现了小岛五月庆典中用活人来祭祀的传统,他准备一探究竟,然而他不知道危险正在向他靠近……。