应该是从遥远的宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队,在剧场版中却将地球从可怕的危机中拯救出来……这一次,KERORO军曹的面前出现了最新!最恶!最强的敌人!!
故事讲述冬树与KERORO小队一起去印加帝国的马丘比丘足迹参观,喜欢神秘事物的冬树当然是大为高兴,可是KERORO的脑袋里面装满了要侵略地球的事情。他们在那里因为迷路而发现了遗迹,后来因为突发状况而不得不从那里逃出。但在那时,冬树一瞬间看见了一位伫立在迷途中的少女。抱着对少女的不解之迷,冬树与KERORO回到了东京。不过这时,最强的敌人出现在了他们面前。样子和KERORO一模一样,但与KERORO不同天空対決戦tテンクウたい的是,他是要迅速且透彻地策划侵略地球的黑暗KERORO。他带领着部下CIBABA、DORURU、MIRURU一起在世界各国开始了侵略行动。而迎击这一切的KERORO小队的命运是?……。花艺公司职员凌凌七是一个真诚善良、乐于助人的好姑娘,但是性格上却很自卑懦弱。这个缺点严重地影响了她的生活,使她在工作上难以展开拳脚、实现理想,同时也不敢向爱慕的同事柏海表达情感。一次意外的机会,她和柏海参加了好梦科技公司推出的改善睡眠的高科技手环测试。手环中功能磁共振仪器发生故障,误将凌凌七的脑电波数据传输到了柏海的梦境模型中,这一失误,让凌凌七获得了进入柏海梦境的能力。由于只是在对方的梦里,凌凌七暂时放下了现实生活中自卑懦弱的缺点,努力帮助柏海克服童年时候留下的心理阴影。梦想照进现实,梦境中的勇气让凌凌七反思自己在生活中的缺陷,她积极努力的改变自己,逐渐变得自信和勇敢。在梦境和现实的交错中,相互治愈的两个年轻人,收获了美好的事业和爱情。。