1959年,切•格瓦拉与菲德尔•卡斯特罗率领的游击队组织“七二六运动”终于推翻巴蒂斯塔政权,在古巴建立了新政府。然而随着时间的推移,切和菲德尔在治国理念上逐渐发生分歧,最终他辞去政府中的要职,并放弃家庭和古巴公民的身份,再次投入解放第三世界的战争中去。
几经辗转,切来到玻利维亚,与玻利维亚全国解放军共同展开游击队革命运动。玻利维亚总统René Barrientos得知切的到来,决定不惜一切代价消灭这个令人头痛的革命者……。真道幸路朗是在外务省工作的干练交涉官。在羽田机场,真道所乘坐的客机正准备起飞时,空中出现了神秘的巨大立方体。“那个东西”急速地巨大化,并吞噬了载有252人的客机。巨大立方体的名字是“卡多”。 从卡多当中现身的神秘存在亚哈库依·扎修尼纳,试图与人类进行接触。被卡多吸收的真道,接受了亚哈库依·扎修尼纳与人类之间的调停任务。另一方面,日本政府也将国际交涉官徭沙罗花作为代表送往现场。亚哈库依·扎修尼纳究竟是什么人?而他的目标又是什么?。