故事发生在神世纪300年,主要讲述结城友奈是初中2年级学生,她天天在学校里过着与很多朋友一同听课、进行社团活动、玩耍的平稳生活。不管怎么看这都是非常普通的女孩的生活日程,但是只有一点与其他孩子决定性不同的地方,那就是她所属的名为“勇者部”的社团活动。以部长犬吠埼风为中心的该社团的活动内容与被谜团包围的叫做Vertex的不可思议的存在有关系,本作正是以描写友奈等人的“勇者部”的活动为主。。一棵大树上住了三个自私自利的邻居:三楼的黑喜鹊大清早唧唧喳喳地教孩子学飞,由于小喜鹊只围绕着二楼小松鼠家的阳台和窗户打转,正在睡觉的小松鼠不干了,和黑喜鹊吵起嘴来;一楼的老山羊烧炉子,黑烟熏黑了小松鼠晾的床单,小松鼠和它理论一番无果,生气地把床单拿到河边去洗,哪知道黑喜鹊在上游做报复把水弄黑。
小松鼠在阳台发现一条蛀虫,喊两位邻居帮助时,黑喜鹊和老山羊均说不关我事,小松鼠一生气,把蛀虫扔到了大树里。在三个邻居各顾各继续过吵吵闹闹的日子时,蛀虫越生越多。可是,即使蛀虫多到威胁它们正常的生活,三个“好”邻居仍为谁去找啄木鸟推来推去。。