曾经有一场被称作“厄祭战”的大型战争。那场战争终结后过了大约300年。
地球圈失去了至今为止的统治机构,在新的支配体系下,新世界被构筑起来。一时的和平到来,与此同时,远离地球的火星圈燃起了新战争的火种。
主人公——少年三日月·奥古斯,从所属的民间警备公司克律塞安保公司(下称CGS)那里,接受了打算让在地球势力统治下的火星都市独立的少女库德莉亚·蓝那·伯恩斯坦的护卫任务。但,CGS受到摘取反叛之芽的武力组织加拉尔霍恩的袭击,于是在把三日月这些孩子当做诱饵后撤退了。少年们的领袖,奥尔加·伊兹卡认为这是个机会,并决定对虐待自己的大人们掀起反旗。被奥尔加托付击退加拉尔霍恩的三日月,利用被当做CGS动力炉来使用的“厄祭战”时代的机动战士——高达·巴巴托斯,向敌军发起挑战。。外科医生冲田一光(木村拓哉 饰)结束了在海外为期十年的学习和实验,满载着经验与热情回到了自己曾经工作过的坛上纪念医院,尽管曾经在这里有过一段并不愉快的回忆,但和离开时的自己相比,如今的冲田一光更加自信和强大。
儿科医生深冬(竹内结子 饰)是院长的女儿,亦是冲田一光曾经的恋人,只是,如今她已经成为了脑外科医生壮大(浅野忠信 饰)的妻子。壮大为了自己在医院的前途和发展做了院长家的入赘女婿,并最终坐上了副院长的位子,沸腾的野心逐渐蒙蔽了壮大的双眼和内心,他一直隐藏着关于冲田一光过去的秘密,但同时亦为冲田一光的医术和人格所倾倒折服。。以不列颠的统治为目标,为了确定王而准备的选定之剑。拔出此剑之人将被称作“亚瑟”,并获得强大的力量。 但,拔出Excalibur的不止一人。随着力量的大量产生,传说发生泛滥,并引发历史的歪曲。。