电影分为三个发生在不同时期、地点但是相互有着关联的故事。
《背影》:陈经理受公司所托前往广西进行业务考察,在工厂里,他意外的遇见了和自己失散多年的父亲。如今的父亲已然垂垂老矣,他早已经认不出儿子的面庞了,而陈经理也似乎并没有和父亲相认的打算。
《湖畔》:陈德明刚刚喜为人父,一封来自监狱的信便冲淡了这份喜悦。原来,他曾经的挚友即将面临死刑的制裁,他要去新加坡送他最后一程。
《再见》:大学教授陈志彬前往泰国讲学,在那里邂逅了曾经的大学老师,两人重续了一段师生恋。。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。