本作主人公为高中生,也是假面骑士史上年龄较小的骑士,口头禅为“宇宙来了”。这是假面骑士系列第一次以高中校园作为故事舞台,以高中生作为主角。
主角如月弦太朗是转校生,梳着飞机头,梦想是“与学校的所有人成为朋友”。他的同班同学歌星贤吾,拥有神秘的天文开关和月球基地——玉兔舱。二人的相遇,促使了假面骑士卌骑的诞生!弦太朗与朋友们共同创立了假面骑士部,在宇宙与学园的舞台上,与朋友们一起成长,共享有泪有笑的青春。。2069年,超智能电脑利用合成体僵傀控制世界,遭到人类的抵抗,为了统治世界并管理人类,超智能电脑派遣无间妖与众僵傀回到2016年,收集人类的精神信息码,提供给超智能电脑。被夺走精神信息码的人,变得毫无情感,如行尸走肉一般,人类社会惨遭涂炭。受害者苏筱筱失去记忆,流浪在城市中。充满热情、相信只要通过努力定会成功的信一,决心帮助苏筱筱找回记忆。寻找记忆过程中,他们不断受到僵傀的袭击。信一得到捕将铠甲系统,在好友志凯等人的帮助下,信一合体为捕将铠甲,痛击僵傀。在危急时刻,又出现神秘的捕将铠甲帮助信一。线索显示,原来僵傀和霸王集团有着千丝万缕的关系,苏筱筱的身世也指向霸王集团。信一面对诸多邪恶力量,一直坚持正义的信念,燃烧不尽的热情,最终消灭了整个邪恶势力,破解了重大的阴谋。