来自异次元的种族MU占领了东京,并将城市隐藏在巨大的防护壁之后,他们欺骗在东京生活的人们他们已经成为世界上仅存的人类。在防护壁之外,名为“TERRA”的反MU组织声势渐渐壮大。某日,在同MU激烈交火之时,一位名为神名绫人(下野紘 配音)的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中,在这里,绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”,并且成为了它的驾驶者。
在神秘女子的紫东遥(久川绫 配音)的带领下,绫人来到了防护壁之外,加入了TERRA,并且在那里遇见了名为如月久远(桑岛法子 配音)的女子。MU组织对TERRA发起了进攻,当TERRA的存亡陷入危机之中时,绫人再一次驾驶着Rahxephon,成为了这个组织的救世主。。故事发生在抗日战争时期。青年农民陈傻子(答有为 饰)家贫如洗,他听说当八路能挣钱娶媳妇,立刻报了名。参军后,由于他脑子反应愚钝,队列训练分不清前后左右,连打枪都学不会,遭到战友讥讽,连首长只好让他进了炊事班学做饭。在一次往阵地送饭时,我军与日寇交战正酣,张连长(孙荣 饰)让傻子留下帮战友打鬼子,傻子无所事事,也不知该帮什么忙,他顺手拿起一颗手榴弹,照葫芦画瓢,弦也没拉,一甩手扔向了百米开外的敌人机枪阵地,大伙对他的投掷能力目瞪口呆。赶忙递给他一颗拉了弦的手榴弹,傻子抓过来又是一甩手,百米开外的敌人机枪轰成了平地。战斗结束后,连长及战友们对他刮目相看......。