暮蟬鳴泣時》故事從昭和58年(1983年)6月開始,男主角前原圭一搬到人口不到2000人的小鎮雛見澤村開始新生活,在此結識同學龍宮蕾娜、園崎魅音、北條沙都子、古手梨花等人,成為社團好友。但是在這小鎮,卻有著前原圭一所不知道的過去......事件也就此揭開序幕。《暮蟬鳴泣時卒》故事將會延續《暮蟬鳴泣時業》,看似與過去相同輪迴的雛見澤,在不知不覺中發生了變化。。皇权与宗教之争引发连环杀戮与疯狂孽爱,重现苏格兰女王玛丽一世之血腥悲剧历史。苏格兰女皇玛丽在法国长大,直到18岁才回到苏格兰继承王位。然而苏格兰皇宫内充满着奢移的生活的无尽的阴谋。在复杂的宫闱政治斗争之中,她最初懵懂无知、直率固执的少女蜕变成为铁石心肠、权倾一世的真正女王。为了维护和扩张自己的统治地位,玛丽一边痛苦的嫁给好色的英格兰伯爵,一边很快与英俊阳刚的苏格兰护卫队长坠入地下情网。。近未来,日本政要为了推进社会的发展,宣布正式开启提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。秉承着一颗正直之心的光明寺信彦博士参与其中,谁知相关负责人竟然假借“ARK计划”名义意图开发军用机器人。在此之后,光明寺博士不明不白死于事故,身后留下了正上大学的女儿美津以及还未成年的儿子小胜。某个夜晚,姐弟俩遭遇一伙不明身份之人的劫持,危机时刻一名神秘男子出手相助,随后该男子竟然现出战斗机器人的模样,他就是光明寺博士生前专门安装了良心回路的智能机器人次郎。
光明寺姐弟的命运由此和次郎搅到一起,而更大的危机和阴谋正向他们逼近……。