故事发生在遥远的26世纪,外科医生依德在垃圾场里捡到了只剩下头部的机械少女将她带回家中,给她装上了本来为自己已故的女儿所准备的义体,并取名阿丽塔。苏醒后的阿丽塔对这个五彩斑斓但却暴力而又残酷的世界产生了浓厚的兴趣,在结识了青年雨果后,阿丽塔开始接触名为机动球的运动,并在比赛中展现出了惊人的格斗天赋。
在废铁城居民们的头顶,漂浮着巨大的浮空城市撒冷,废铁城居民们的一切劳作和付出,都是为了给撒冷提供继续运作的燃料。在大财阀维克特所设立的机动球比赛中,最终获得冠军的人能够获得前往撒冷生活的资格,阿丽塔决定利用自己的格斗天赋参加比赛,却被卷入了一个巨大的阴谋之中。。在那遥远的宇宙那一边,来自未知世界的威胁正在步步逼近,恐怖的侵略魔爪正在向地球袭来…… 西历2000年,伴随着人类科学的不断发展,人类迎来了凭借“G反应机关”获得梦之能源的光辉代。在首都メトロポリタン与纽约之间的的梦幻子弹列车“闪电号“(时速500公里,行程1.5小时)的开通式上,素不相识的比利·其姆拉,贝尼·卡特和罗塔3人被卷入了不可思议的事件之中——就在眼前的“闪电号”列车居然在彩虹色光芒的包围下之消失了…… 比利和贝尼开始追查事件缘由,经过调查,他们发现世界各地都发生了同样的蒸发事件,事实真相被不置可否地掩盖,人们在完全不知道威胁即将来临的情况下不明就里地生活着。国连为了查明原因,设立了极秘的地球防卫组织“迷宫机关”,与即将发生的恐怖事件相对抗。 在偶然的机会下,比利和贝尼开始与“迷宫机关”共同行动,二位少年与迷之宇宙人战斗的超特作科学冒险物语...。一名网红和朋友们在遭受残暴的袭击幸存下来的一年后发现自己再次陷入一个危险的黑暗网络可怕组织的包围之中,这个组织想要不惜一切代价向她们进行复仇。。