位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人,其中约8成是学生的这座都市中,实施着超能力开发的特殊课程,学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。
高中生上条当麻,也是住在学园都市的学生之一。他由于隐藏在右手中的力量——只要是异能之力,就连神的加护都能消除的“幻想杀手Imagine Breaker”,而被评价为名落孙山的“无能力”,过着充满不幸的人生。
而上条的学生生活,由于暑假开始时从天而降的纯白修女而发生了巨大的变化。自从与逃离“魔法”世界的她——“禁书目录茵蒂克丝”相遇开始,上条就被卷入了各种各样的事件中。统率学园都市的“科学”方、与茵蒂克丝关联的“魔法”方,在惊险地解决双方事件的过程中,他的人际关系也逐步扩展。之后,魔法一方的十字教最大宗派罗马正教,终于注意到上条的存在……。
如同呼应魔法方一般,科学方的学园都市也有所动作。但也有与逐渐开始对立的世界动向抗争的人不断出现。那些通过与上条有所关联,而使命运大为改变的“英雄”们。
他们挺身而出与世界对峙。如同上条当麻做过的那样。
科学与魔法第三次交织之时,故事将大幅推进!!。位于日本南方的南十字岛,富饶美丽,抬头是那璀璨绝美的星空。正在海滩上徜徉漫步的扬卷和子(早见沙织配音)和新藤诹访(福山润配音),偶然救助了一名昏倒在海边的少年特纳西·塔科特(宫野真守配音)。他是南十字学园高中部的新生,由于未能赶上最后一班船而跳入海中,从大陆游到南十字岛。性格明朗的特纳西展开了快乐的校园生活,虽然他声称来此是歌颂快乐易逝的青春生活,但其内心深处似乎隐藏着什么秘密。另一方面,该岛金山废矿下埋藏着被称作“赛巴迪(Cybody)”的机器人。特纳西意外踏入禁区,遭遇了秘密组织绮罗星十字团。在此之后,特纳西和该组织的战斗渐次拉开序幕,而他和和子、诹访的命运将会如何? 该剧场版由25集同名TV动画再编辑而成。。亚荣在澳门与贵利富互争地盘,虽然立下大功,但仍要到香港暂避风头。荣搬进了一栋旧楼,他的出现引起隔邻开纸扎店的少女菁的注意,荣终日忍受隔壁菁爷爷生的拉奏唱歌声浪,终于忍受不了过去教训他,却遭受到生的热情款待,亦因而认识菁。一天荣与菁结伴同行时遇荣女友Candy,Candy更殴打珊,荣喝止赶走Candy,荣对菁由感动至相爱,发生关系之后,菁突然遇害堕楼身亡……。