故事讲述的是千年前,三界大战,青帝之子青泽为解救人间跳下诸仙台,其灵魂化为无数碎片,飘落大地。其弟紫苏为复活哥哥,不顾天罚,身中千根透骨钉,终到人间。 紫苏以香为媒,搜集青泽的灵魂碎片,并在一次人间战乱中,救下奄奄一息的辛夷,收为奴仆,使其成为碎片的容器。两人开了一间香铺,取名承香苑。拥有碎片的人会被引到这里,紫苏则以交换碎片为条件,满足求香者的愿望。从而经历了一次又一次跌宕起伏的爱情故事和惊心动魄的圆梦之旅。但与此同时,化身国师的反派暴徒玄冥与饮香成性的食香兽花玲儿暗中联手,机关算尽,一心破坏紫苏计划,拖延青泽复活,妄图毁灭人间。。1999年,某个东西被卡车运出了馆山市。几天后,哥斯拉登陆了馆山,特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中,自卫队员家城茜(釈由美子饰)意外害死了战友叶山二尉(森末慎二饰),自己却侥幸活了下来,并被派去了资料科。 另一方面,日本政府在柘植真智子首相(水野久美饰)的指挥下,召集了汤原德光(宅麻伸饰)等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础,用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职,由科学技术厅长官五十岚隼人(中尾彬饰)就任新首相。同时,茜被派去了机龙队,担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时,哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战,却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂,突然暴走,在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙,汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造,使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰...。