在远古的时代,宇宙中存在着分别代表光明与黑暗的两个文明,正如光与影永远是相互矛盾的,两个文明也长年处于战争之中,代表黑暗的文明为了取得胜利,就制造了一种高科技的战舰,这种战舰拥有超强的作战能力及穿越时空的能力,而且,还拥有自己的思想。然而,这种战舰却会把驾驶者作为自己的食粮,以此来增强自己的力量。这种黑色的战舰就像魔鬼一样,会把敌人彻底毁灭,但同时也会吞噬驾驶员的生命。而在同一时间,为了对抗敌人的黑色战舰,代表光明的文明也创造了一艘白色战舰与黑色战舰抗衡。后来,两个文明都原因不明地消失了,而那些战舰却依然存在在宇宙的某个角落里,新时代的人为他们起了个名字——遗失战舰(LostShips)
由于将精神力变换为能量的[精神物理学]的发达,产生了超越光速技术的遥远未来。主人公阿ken(肯恩·布鲁利勃/kane)在这个世界里解决着发生的各种各样的事故,这种工作称之为「TROUBLE CONTRACTOR」(麻烦终结者简称T.C)。。公元2035年,人类被12只猴子军研制的一种病毒侵袭,大部分人类都在这场病毒灾难中死亡,只有少数人侥幸逃生,但也只能在阴暗的地下,苟且偷生。
科学家们决定派人穿越时光回到1996年追查12只猴子军的来历。囚徒詹姆斯·科尔被挑选为志愿者。阴差阳错,科尔回到了1990年,当他向当时的人们描述未来的那场大灾难时,被当作精神病捉了起来并被医生凯瑟琳·雪莉诊断为精神分裂症。科尔在病友杰弗里·戈因斯帮助下逃脱,回到了未来。因为没查清12只猴子军的来历,科尔再次被派回了1996年。
科尔这次发现了12只猴子军的起源地在费城,他找到了医生凯瑟琳,二人一起展开了追查12只猴子军的冒险之旅!。