全新一季中,重案组一行人为追求真相、揭开幕后黑手真面目,来到了传说中的长安古城。。因化工厂爆炸一案,陵江省高级人民法院行政庭法官罗远结识了陵江大学环境工程教授夏未冬。与此同时,与罗远因理念不合分道扬镳的法官耿念正在基层法院审理索赔高昂的“化工老板殴打村民案”,牵扯出化工厂偷排污水案情。恰逢省高院副院长曲和平在推进环保司法改革,他有意安排罗远和耿念去帮助因买卖金雕案而深陷舆论攻击的中院刑庭法官林海岚,让三人形成“行政、民事、刑事”三合一审判小组,组成一个全新的环境保护审判庭。
环保庭成立后,三位法官在环境专家夏未冬的帮助下,积极审理陵江禁捕期非法捕捞案、室内装修污染致癌案、非法买卖国家保护动物案、废酸毁林案、陵江非法采砂案、非法倾倒掩埋垃圾案等种类繁多、专业极强的环境污染案件,尝试创新的司法审判理念,最终将不惜以污染江河、破坏环境换取经济效益的化工巨头、大肆逐利的黑恶势力和包庇污染、玩忽职守的政府官员绳之以法。。1897年,大韩帝国时代动荡混沌,时有不同罪案发生,别巡检调查队四出调查,找寻破案的线索。 别巡检第2季的时代背景为1897年大韩帝国的国号宣布之后,比第1季还要迟些。高宗自俄罗斯回国后自称为皇帝,由此朝鲜便变为帝国,以阐明国家的自主性和独立性。并且施行了财政、教育、军事等几乎全方位的光武改革,令朝鲜向现代化迈进了一大步。因此这个时期应该是比第1季更为激动人心的时期,然而大韩帝国所追求的新价值,让国民看到的却是比任何时候都强大的同一与自主的混乱。。