徐智受雇逸乐县富豪卢豪的胁迫,去杀害其弟弟卢朗。徐智趁卢朗不备,拔刀相向,两人扭打成一团,此时天降闪电,正好劈中二人,发生了神秘事件,二人身体互换了。徐智随卢朗的妻子周菲回到家中,想引诱卢朗出现,不料却等来了警察查询和神秘黑衣人的绑架。徐智和周菲随黑衣人回到了逸乐县,紧随其后的卢朗也回来了。他用徐智的身体见到了自己的哥哥,知道了杀身之祸的原因,悲痛欲绝。。某年夏天,来自香港各个阶层的一群人组成了一支菲律宾旅游团。在美丽女孩Candy(温碧霞 饰)的带队下,他们来到了这个温暖的热带国度。当地导游阿卜(曾志伟 饰)带领香港游客们四处游玩购物,度过了愉快的一天。入夜,游客们在一家餐厅欣赏了别开生面的演出后,准备返回宾馆休息。就在这时,对面的商铺传来剧烈的爆炸声和密集的枪声。原来数名菲共游击队员在其中进行枪火交易,结果遭遇闻讯赶来的警察,双方爆发激烈的枪战。走投无路之际,游击队员劫持了香港游客的客车。他们以人质的性命作要挟,要求政府释放菲共的领袖。
生死存亡之时,每个人都面临着命运与人性的巨大考验……。衔接上季。忍者们离开神秘岛,但妮娅的水系元素突然失去了控制,在寻找问题之时,突然收到来自海底的一个能量波,于是闯入了水下五千英寻的无尽大海神殿,里面生活着许多海怪(莫罗匹恩人),他们被一个叫特里玛的章鱼怪领导着,但是他的儿子卡尔玛却内心邪恶,他决定用两个护身符(风暴护身符和海浪护身符)来唤醒海上巨蟒“沃杰拉”,来造出惊人的破坏力。卡尔玛为了实现计划,害死了他的爸爸并嫁祸忍者,后得到两个护身符,唤醒了沃杰拉,水淹忍者城。忍者城居民的处境十分危险。本多玛击碎卡尔玛的权杖,卡尔玛失去对沃杰拉的控制,被沃杰拉吞食。妮雅为了击败沃杰拉,不顾自身与海洋融为了一体,最终打败了沃杰拉,妮雅将海水带出忍者城,自己也留在了海水中。。