2025年,外星生物入侵地球,强大的磁场及物理破坏导致地表资源枯竭,回归冰川时代。人类的传统武器在外星巨物面前失去作用,不得已舍弃地表退居地下,打造了无数地下城用来避难延续人类文明。莫飞是外星生物袭击地球的幸存者,为了生存,二十年来他已经成为了游走在地表与地下世界,贩卖地球灾前文明物品为生的空枭。地球最后的守卫军——世界联合政府经过二十年的准备,一场名为“磁力计划”的行动成了唯一击败巨鲲,重回地表生活的机会,所有磁力小队都在为此做着准备。对人类存亡毫无兴趣的莫飞在逃避外星生物追击的过程中遇见了执行“磁力计划”任务的特种作战队——黑隼小队。外星巨物酝酿着最后一次冲击,在这人类生死存亡时刻,莫飞和他的伙伴与黑隼小队临危受命开启末日决战,同呼吸共命运,拯救人类共同的家园。。创圣纪0011年的地球,由于11年前的大异变,人类丧失了2/3的人口。 南极冰山溶化,1万2千年前灭亡的亚特兰蒂亚重现于世,拥有双翼的「堕天翅族」苏醒了。他们将生物机械兵器「神话兽」接连送入人类的都市,捕获人类,摄取生体能源「Purana」。 另一方面,人类决心反击,从海底遗迹发掘岀三台组合(hybrid)战斗机「Vector Machine」。这是1万2千年前,将堕天翅族逼入灭亡绝境的传说中的兵器。Vector Machine经过合体,「机械天使Aquarion」即将现身。 要启动Aquarion,需要能与机体的机械生命感应和共鸣,称为「Element」的人。这要求特别敏锐的五感和纯真的灵魂,因此十五岁左右的少年少女们被选为机师,集中起来。 而后,「机械天使Aquarion」合体的时刻终于到来…。