故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。故事是关于一位理性主义的摩登藏族创业青年丹增,他一心想开出一家尼泊尔最棒的咖啡馆。正当他全力以赴地追求他的梦想时,丹增突然被一些反复出现的诡异恶梦和幻觉纠缠,他的朋友和预言者都警告这是死亡临头的噩兆。 得道的先知和古籍建议,只有找到一位空行母才能拯救他的性命,否则将在七日内丧生。丹增将这些预言和建议视做愚蠢的迷信。但无论我们如何地怀疑与鄙视,在死亡威胁的阴影下,尤其是与自己的性命相关时,都是让人抓狂和恐慌的。 于是丹增开始歇斯底里地寻找这位「非常特别的女性」,这是一场与自己的偏执和恐惧正面交锋的旅程。。