故事发生在陕西关中地区。随着深夜的一声爆炸,古墓被炸开,引来了蜂涌而至哄抢的村民,杨乖娃私藏一只编钟,他想借机倒卖出去,不料引来杀身之祸,其女杨秀为完成父亲遗愿,变成一个冷峻妖冶的盗墓贼。文侦队长秦安平负责文物的侦破工作,通过调查得知,文化局的宋若虚是本地最大文物走私盗墓团伙的头目,秦安平与其展开了正义与邪恶的较量,丧心病狂的宋若虚竟以秦安平儿子的生命相威胁。顶风作案的宋若虚终于进入藏宝密室,发现了价值连城的秦王尊......。《剧场版 假面骑士剑 遗失的王牌》是平成假面骑士系列第四部剧场版,也是《假面骑士剑》的剧场版。
4年前,连同小丑——相川始在内的53个不死生物都被封印了,身为假面骑士的剑崎一真、橘朔也、上城睦月三人,也终于可以不用再战斗了。他们和白井虎太郎、广濑栞等人,一起回归普通人的生活,各自寻求自己的新人生。但大家都没想到的是,在一段平静的日子后,不死生物居然又再度出现,并要对栗原天音下手!更让人难以相信的是,剑崎他们见到了以前从未见过的3位新假面骑士。3位新假面骑士告诉剑崎,“你们的时代已经结束了”。新时代已经不再需要剑崎他们的力量了,并且假面骑士剑、假面骑士权杖变身所必须的类别A也被解放,所以他们现在已经不可能再次变身。
为什么时隔4年不死生物又再度出现?当年乌丸所长的电脑密码──DOUBLE JOKER(两个小丑),又是否与此事有关?失去类别A卡牌的他们又要如何作战?。小方世玉为首的一群孩子在少林武院学习、成长;莫大将军为首的官府势力在崇阳镇屯兵敛财,拉拢江湖的邪僧欲潜入少林寺获取达摩碑而称霸武林。当江湖武林、现实社会的各方面势力爆发激烈冲突,无法回避地撞击到孩子们身上时,他们从懵懂无知,被动躲避,到看清真相,勇敢担当。。