博派现在必须和极限动物并肩对抗狂派,狂派则与掠食金刚联手,拼命找寻下落不明的火种源。然而,黄金光碟却掌握在掠食金刚的手中,这款难以捉摸的文物不仅跟密卡登切身相关,还能赋予他强大的优势,用来压制死对头柯博文。这场最终之战将决定赛博坦的未来,究竟哪一派人马能胜出?。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。一个急需现金的骗子与一名拥有大笔加密财富的女子一见如故。女子是骗子的梦想目标吗?还是骗子也有被骗的一天?。