该片翻拍自2010年上映的日本动漫电影《意外的幸运签》,一缕无主幽魂,赫然发现自己附身在一名高中男生Min的尸首中,在外人眼里他是个医学奇迹,唯有这个「寄居灵魂」心知肚明,这是死神给他的考验,要他在100天内找出令明死去的真凶,否则他将永不超生! 「寄居灵魂」用尽方法投入Min的世界,感受Min的亲情、友情及爱情,逐渐发现Min的死另有内情…。升入私立咲钟湖学园高中的阿佐谷未乃爱,只是个动画的入门菜鸟,但她却被同年级的上井草有栖强行邀请成立了动画研究部。通过与同年级的高圆寺美子以及喜爱动画的前辈们相遇,未乃爱逐渐沉浸在动画的世界中。动研部员一边要面对学生会固执的废部劝告,一边对于渐渐逼近的世界灭亡一无所知,成天在活动室、在秋叶原、在圣地、在温泉,聊着动画的事情。。日本室町时代中叶,当权的幕府威信锐减。野心勃勃的醍醐景光(中井贵一饰),为了成就霸业,而将尚未出生的儿子百鬼丸献祭给48个魔神,他和妖怪定下约定,取走了包括眼、耳、口、鼻等在内的48个器官。
一出生就缺少器官部位的百鬼丸,被抛入河中,后来为医生养父(原田芳雄饰)所救,替他制作了义眼、义肢等补足了身上缺失,并命名为百鬼丸(妻夫木聪饰),抚养他长大。为了摆脱自己被诅咒的命运,夺回身体的每一个部分,百鬼丸向占有自己器官的48个魔神宣战,离家踏上征战之旅。
在寻找魔神的旅途上,百鬼丸遇到了自称“侠盗”的多罗罗(柴崎幸饰),为了得到百鬼丸手中的宝剑,多罗罗跟随他一起踏上旅程。。