进次郎被噩梦所困扰。他梦到了曾经光之巨人奥特曼与怪兽“芝顿”对峙的梦。
而且,他现在遇到了全新的问题,那就是日渐增强的奥特曼之力已经渐渐难以控制了。
就在这段时间发生了假冒机动奥特曼破坏街道的事件。世界上“奥特曼危机”的舆论愈演愈烈,科特队陷入了口诛笔伐之中。
只不过,这些全都是某个外星人的阴谋罢了。其中的幕后黑手居然是艾德!
艾德目的只有一个,终结地球人对于奥特曼的信仰。为此,艾德引导进次郎走向成为光之巨人的道路,然后再打败进次郎。
巨大化的芝顿被艾德召唤并与科特队展开了激烈的战斗。
奥特六兄弟与玛丽装甲集结,并肩作战。
艾德身穿自己的芝顿装甲登场,最后的危机时刻来临。
进次郎也穿上了全新的装甲去迎战对手。。在五十年代被烧死的女皇玛丽·卢,逃离了地狱,再次走在汉密尔顿高中的走廊,寻找血液。 她选择亚历克斯护送她到这个的世界,平均沮丧的学生梦想有一天成为一名医生。 随着玛丽·卢开始恢复体力,身体开始攀升,汉密尔顿高级毕业生的班级再次小于预期。。一九四五年夏,日本法西斯面临彻底覆灭的命运,面对百万苏军压境,侵华日军垂死抵抗,企图使用生化武器来挽救自己的命运, 计划并实施“关东军特别防务演习”。 苏联红军远东八十八旅——抗联教导旅得到情报后,派出以外号“一个团”的抗联英雄焦土为队长,生化武器专家达妮娅、爆破专家黑子、神枪手宝日娜、译员沈若飞和报务员小不点儿等人组成的特别小分队,潜入中国边境,要在大反攻之前,捣毁日军的生化武器库。。