本片是《佐罗的面具》续集,剧情在一定程度上与首集相连。故事发生于1850年,由班德拉斯扮演的侠客佐罗遇到了一生中最危险的挑战。几经努力终于使加利福尼亚成为美国第31个州之后,佐罗还必须实践自己对妻子艾琳娜(泽塔-琼斯饰)所做出的承诺:以阿莱桑德罗的公开身份,过正常人的生活。就在佐罗左右为难犹豫不定的时候,新的威胁出现了。不甘失去加利福尼亚州的恶人们再度集结,试图将已经并入美国领土的加利福尼亚州再次分裂出去。一个可能永远改变历史进程的时刻到来了,面对恶人不断制造事端的威胁,阿莱桑德罗被迫再度出山,在艾琳娜及其它正义势力的协助之下力斗恶人,最终彻底击败恶人取得胜利,并确保了加利福尼亚的领土完整。。由于被监视者告知了自己会在危机当中消失,闪电侠巴里·艾伦(格兰特·古斯汀饰)已经做好了牺牲的准备,便开始着手与自己的家人和同伴们进行告别,并发誓在此之前要拯救尽可能多的性命。但身患黄体噬血细胞综合征的拉齐姆·罗素(森德希·拉玛莫西饰)在意识到星辰实验室的血清已经无法治愈病入膏肓的自己时,选择了其他方式来让自己继续存活下去,甚至为此不惜夺取他人的生命,使他开始走火入魔。 与此同时,巴里开始逐渐意识到自己的妻子艾瑞丝(坎迪斯·帕顿饰)变得越来越不像她了.......。繁华大都会美国纽约,邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹,甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统,发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面,在第二次遭遇非常事件时,她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟:拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆,当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯,可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后,才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……。