皮尔森带着家人来到郊外的别墅和弟弟一家一起避暑度假。一场看似普通的流星雨让4个带着可以控制人思维的高科技仪器企图侵略地球的外星人迫降在别墅的阁楼里。他们起初利用控制贝瑟尼的男朋友里基悄然打入这家人中,可不料还是被皮尔森家的孩子们敏锐的觉察到。虽然家里的大人不相信小孩子们的说法,可孩子们还是渐渐意识到了家中阁楼上这四个外星人存在的巨大潜在危机,悄悄的团结在一起开始了一场人类保卫战。而那四个外星人也不甘示弱,面对孩子们制造出的各种新奇的小武器,他们用控制人思维的机器控制了家里的大人来反攻这些孩子们。可这四个外星人里有一个例外,就是技师斯帕克斯,原本就无心恋战的他更是机缘巧合的和汉娜结成了好友,弃暗投明的开始帮助皮尔森一家。面对强大的外星人入侵,孩子们能否把这场人类危机化险为夷呢?。故事发生在日本的江户时代,一名神秘的男子出现在了武士桂小太郎(石田彰 配音)的面前,他手握妖刀“红樱”,要求试刀,这个夜晚之后,桂便下落不明。桂的宠物伊丽莎白(高松信司 配音)找到万事屋的神乐(钉宫理惠 配音)和新八(坂口大助 配音),委托他们寻找主人的下落。同时,银时(杉田智和)也受到委托,寻找四处作恶的红樱的下落。三人的线索汇聚到了一艘空中飞艇上,由于远离警察的管辖范围,飞艇里的恶势力一手遮天。在那里,银时遇见了曾经的战友现在的对手高杉晋助(子安武人 配音),高杉正带领着自己的鬼兵队企图毁灭江户。一面是穷凶极恶的恐怖分子,一边是暴虐嗜血的妖刀红樱,身受重伤的银时能够平安脱险拯救江户吗?
此次剧场版重制了《银魂》动画中的《红樱篇》,其中,在原作中未出场的真选组也将在故事中大显身手。。