梦想成为摄影师的年轻女孩河合夏美(有村架纯 饰)对迷茫的未来颇感不安,而男友相羽慎吾(工藤阿须加 饰)暧昧不明的态度更令她焦灼难平。在某个夏日,她跨上父亲留下的摩托车,驶往那个曾经和父亲一起观赏过萤火虫的森林。在森林附近,她邂逅了经营杂货铺的安女士(吉行和子 饰)及其被称为“地藏法师”的儿子惠三(光石研 饰),并受到母子的热情款待。未过多久,慎吾追随着夏美的脚步到来,与世隔绝的安逸所在,让年轻男女紧张的身心得到放松。
某天,地藏法师突然病倒住院。在这关键时刻,夏美无意中得知了地藏法师和分居的家人之间存在难以弥合的裂痕,他为此饱受痛苦折磨。不知不觉,夏美决定要为这个经常带着笑容的男人做一些什么……。濑户内海的小镇,曾遭受虐待的女子,隐居似地生活,与一名伶仃孩子相遇后,逐渐唤起两段憾事:竭力拯救她的补习老师与成为她初恋的男上司。悲伤汇聚成河,我们流进彼此,形成海,却无法完全融合。曾执导《第八日的蝉》和《银河铁道之父》的成岛出,改编本屋大赏得奖小说,鲸鱼是少数会自杀的情绪动物,而「52赫兹鲸鱼」的高频率歌声在世界上无法被其他鲸鱼接收,即使是最孤独的存在,也有一直游下去的力量。。