故事发生在2016年的南非约翰内斯堡,为了应对不断攀升的犯罪率,某大型武器公司开发了全机械警察部队。他们将机械警察批量生产并投入使用,在打击犯罪方面取得了令人瞩目的效果。作为开发人员之一,程序员迪恩一直致力于制造出完全的人工智能机器人。直到某天,他的研究取得突破性进展,可是并未得到老板米歇尔·布莱德利的支持。不甘心失败的迪恩偷偷将一台不久前被打坏的机械警察带出公司,准备完善他的研究,谁知半路被三名匪徒劫持。在匪徒的威胁下,迪恩将22号写入全新系统。22号以“查派”的名字重生,它的诞生即将改变许多人的命运……。5500万年前,一种陌生的生物出现在了高高的树梢上。随着这个神秘生物在树梢上跳出第一步,灵长类动物家族诞生了——我们的家族。我们的灵长类族谱上有四百多个成员的名字:长臂猿、眼镜猴、蜘蛛猴、黑猩猩、吼猴、狒狒、狐猴、猕猴……人类出现之前,我们这些小小的近亲各出奇招,适应不断变化的环境:长臂猿有修长的手臂;眼镜猴有大大的眼睛;狒狒生活在最复杂的社会群体里;还有猴子学会了开牡蛎、砸坚果……。公元2067年,以银河系边境的星系为中心,丧失自我而狂暴化、极尽破坏之能事的“Var”症候群,正在逐渐扩大。察觉事态严重性的星间复合企业体,为了将这一症状镇静化,将少女们的“战术音乐组合Walküre”与执行共同作战的“Valkyrie部队”编成到一起。
另一方面,“风之王国”的被称作“空中骑士团”的“谜之Valkyrie部队”开始行动。在“原始文明的遗产”之谜的交错当中,超越星系的热切恋情与友情的物语开幕。
《超时空要塞》新作动画《超时空要塞Δ》制作的消息于2014年10月发表。2015年9月正式确定标题,同年10月29日举办了制作发表会,12月31日放送特别节目。。