托马斯、米诺一行人被带到一座神秘的庇护所,这个机构由表里不一的詹森所管理,詹森为他们提供安稳且舒适的环境,并下令让幽地斗士们在医疗实验室中接受一连串的测试,詹森向托马斯保证将会把他们送到更加安全的保护区与其他对“闪焰症病毒”免疫的年轻人一同居住。察觉事有蹊跷的托马斯决定再次带领他的伙伴们逃出詹森的掌控,然而等待他们的,却是比迷宫更加危险的焦土。。影片的故事围绕萨曼莎展开,她在上学途中被一只神秘的巨型兔子绑架。15年后,当她在医院醒来时,对自己居然还活着感到非常震惊。格林博士在她身旁,试图帮助她恢复记忆。在萨曼莎的记忆中,她曾被困在一个地下监狱,在那里有人强迫她玩游戏、解谜语和谜题,并设有奖罚机制。与此同时,一位生命垂危的天才前调查员也在调查这一神秘案件。。