不久的将来政治,宗教,资源,环境等等对内对外依旧抱有多种多样的问题的人类,讴歌着与其相对的繁荣可是位此画上休止符的时刻以在眼前蔓延到全世界的异行羽虫变异生物发生源随着洋流漂移而来意识到了这些变异生物的人们组成了国际性对抗组织——N.I.D.F. A.D.2015年对于一齐出现在全世界的变异生物"哈提安"军团 N.I.D.F.能战胜它们吗?。被浩瀚大海所包围的奄美大岛,少年界人(村上虹郎 饰)和少女杏子(吉永淳 饰)各自经历着人生的波动时刻。月圆之夜,界人目睹了背部有纹身的男子漂在海中死前的一刻,心灵备受触动。他对母亲(渡边真起子 饰)和男人们纠缠不清的行径感到反感,于是决定去东京看望父亲(村上淳 饰)。杏子的母亲(松田美由纪 饰)是岛民们倍为敬重的女巫,但女巫也无法逃脱生死的宿命。母亲病入膏肓之际,杏子矜持的心土崩瓦解。少男少女愁绪满怀,涛声、风声、歌声、琴声,汇聚成一首关于生命的颂歌……。卡勒姆·林奇(迈克尔·法斯宾德 饰)在死刑即将执行之前清醒过来,发现他被索菲娅(玛丽昂·歌迪亚 饰)选中,来参加一个能让人类摆脱暴力冲动的计划。虚拟现实机器Animus能让用户体验祖先的记忆,被绑在机器上之后,卡勒姆·林奇意识到他是生活在西班牙宗教法庭时期一位刺客阿圭拉的后裔,他们寻找的是可以控制自由意志的伊甸园苹果。索菲娅在父亲艾伦(杰瑞米·艾恩斯 饰)施加的压力下不情愿地操纵着卡勒姆·林奇回到过去寻找伊甸园苹果在现代世界的下落,威胁着他身体和心理的健康。但在杀手同行穆萨(迈克尔·威廉姆斯 饰)暗示了卡勒姆·林奇,提醒他艾伦有可能动机不纯之后,卡勒姆·林奇开始重新考虑他的行为和动机,而人类自由意志的命运也变得悬而未决……。