斗魂圣地一战之后,为了拯救枯萎的灵界灵树,六支浇灌灵树灵液化作灵树之种,由紫染苍麟带回灵界的灵树圣地栽种。
谁知两人在圣地却遭到月族长老镜影花的袭击,镜影花欲吸收灵树之种的力量完成自己的野心,在苍麟拼死牵制下,紫染带着灵树之种开始逃亡,在被追杀途中意外碰到了从地界过来灵界的斗魂卫张山峰一行人。
得知镜影花要吸收灵树之种然后反攻地界的野心,斗魂卫一行人决定要保护紫染回灵树圣地种下种子。。近未来,日本政要为了推进社会的发展,宣布正式开启提升智能机器人研究水平的“ARK计划”。秉承着一颗正直之心的光明寺信彦博士参与其中,谁知相关负责人竟然假借“ARK计划”名义意图开发军用机器人。在此之后,光明寺博士不明不白死于事故,身后留下了正上大学的女儿美津以及还未成年的儿子小胜。某个夜晚,姐弟俩遭遇一伙不明身份之人的劫持,危机时刻一名神秘男子出手相助,随后该男子竟然现出战斗机器人的模样,他就是光明寺博士生前专门安装了良心回路的智能机器人次郎。
光明寺姐弟的命运由此和次郎搅到一起,而更大的危机和阴谋正向他们逼近……。