亚历克斯失败后过去了73年,人类也失去了半机械人的战争。从那时起,人类就被奴役了。科学家们已经开发出一种新的DNA毒株,这可能标志着Cyborgs的终结,并将其注射到志愿者身上。当生化机器人了解到这个女人和婴儿时,他们都要终止。为了逃跑,她带着一艘偷来的半机械人的船,在1980年回到了东非,在那里,母亲被杀,但孩子得救了。这需要20年的时间,但半人半人的猎人星云最终找到了这个名叫亚历克斯的女孩,并及时赶回来终结她的生命。。20世纪末,世界各地的天才少年组成了一个名为"炼金之星"的组织,其成员之一的高山我梦作为"XIG"的一员,靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后,投入了同CRISIS计算机所预测到的"根源性毁灭招来体"进行的誓死决战中;另一方面,已脱离"炼金之星"的"藤宫博也"坚定地认为:对于地球而言,人类才是真正的癌细胞。他凭着"蓝光"的威力,变身成与"盖亚"相对立的"蓝色奥特曼--阿古茹·奥特曼"。作为日本平成年度奥特曼三作品的压轴戏,盖亚·奥特曼其最大的变化在于"盖亚和阿古茹"这二个敌对、且都为地球人出生的"人类奥特曼"的登场。当然,他俩的战斗场面也属前所未闻。同时,二人的对立观点贯穿前半段,因此前半段贴近于连续剧。故事以中世纪欧风世界为舞台,喜欢看书的侯爵千金「依莉亚娜」与王太子「克里斯朵夫」为了各自的需求,订下有名无实的婚约。某日依莉亚娜误会王子找到真正心爱的女孩,做好了取消婚约的准备,因而展开各种事件并卷入王家的阴谋。 原作小说原先于小说投稿网站「成为小说家吧」进行连载,后由一迅社进行出版,另有改编为漫画版。