主人公·京乃圆是一位从心底热爱自己家乡千叶县·鸭川海洋的女高中生。作为以“有麻烦的话,就去帮一把”为卖点的“鸭女运动衫部”唯一部员,每天都充满活力进行活动的17岁。有一天,和神秘的美少女·兰相遇,一眼就将她认作为同胞,并且热情邀请加入鸭女部。在这样不经意的情况下增加了部员,圆心内十分高兴。不仅如此,名为麦波不可思议的转校生也来到了圆的班级。性情平和的麦波,很随意的就加入了运动衫部。原来只有圆一个人的鸭女运动衫部突然增加到了三人,最终将成为保护鸭川的救星。。在不远的未来,海平面原因不明地急速上升,导致了地表多数都沉入海中。 小时候因为事故而失去一条腿的少年・斑鸠夏生,厌倦了都市的生活,移居到了海边的乡村小镇。曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的、就只有船、潜水艇还有债务。 夏生为了取回“失去的未来”,与迷之讨债人凯瑟琳一起,潜海前往据说保存着祖母遗产的海底仓库。 在那里,他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女“亚托莉”。她是一位构造精密到与人类别无二致,而又丰富感情的机器人。 从海底被打捞起来的亚托莉如是说到: “我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前,我会成为夏生先生的腿!” 在一个逐渐沉入海中的平和小镇,少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了。。