突袭世界的大灾难“第二次冲击”后,世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他,却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下,特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下,并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的,却是是父亲冷酷地命令:驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。
本已表示拒绝的真嗣,看到重伤的替补驾驶员绫波丽后,决定遵从父亲的命令。就这样,从未受过作战训练的真嗣,准备驾驶EVA初号机迎战使徒。
世界的命运托付在了一位年仅14岁的少年身上,而“第二次冲击”所隐藏的“人类补完计划”似乎也开始了行动。掌握一切答案的碇元渡,却只是不动生色地观察,仿佛一切早已写入剧本。。邪恶的可汗逃脱十五年前被寇克船长拘禁的星球,他本人是一位智勇双全的领袖,但此刻已变成一个邪恶的狂人,他誓言要向寇克船长讨回血仇。于是他先劫持了一艘联邦战舰,后又偷取了寇克船长的儿子和旧情人制造的毁灭性武器。并引诱企业号投入他精心设计的圈套……。林文山是个朴实勤劳的人力车夫,因牵涉到一件凶杀案而惶惶不安,一位干练正直的刑事陈正雄在命案现场发现的蛛丝马迹,证明林文山与凶杀案有关,将之逮捕,经过慎重调查结果,断定林文山只是个被人嫁祸的受害者,于是向林文山太太秋华保证日内即可释放,当陈正雄正对凶嫌握有线索时……。