二战期间,日军侵略中国。熟黯功夫的僧人天法,在寺门附近救了一个被日军追杀的地下工作者。此人身受重伤,弥留前将一幅有关日军军力分布的地图交给天法,求天法送到卧龙镇他的同志。天法冲破日军包围上路,身上带了一只木盒,盒内是寺内最珍贵的经文,中途遇上两个小流氓阿龙与马可,二人以为天法木盒内是珍宝,所以不断要偷天法的木盒,天法武功高强,几次打败两个小流氓。但由于不识往卧龙镇的路途,只有与二人合作。。在上海一条不起眼的小弄堂里,有一家只在深夜营业的小餐馆,老板是一位50岁左右的大叔,他会为每个到访的食客做一份只属于他的食物。生活在弄堂里的忠伯和阿龙都是食堂的常客,每当夜幕降临,这座繁华都市中便有各色孤单灵魂在此相遇。
广告公司的加班三人组便是这般偶然登场,被美食洗去满身疲劳的同时,也邂逅了更多身怀故事的朋友,夜班出租车司机唐宋即是其中之一。唐宋是在接醉酒的音乐人阿信时发现了食堂的存在,从此他就会在清晨带青梅竹马的思思来吃家乡的蛋饼。但是唐宋渴望安逸的生活,思思却有梦想要追寻。在机会繁多的大城市中,两个年轻人的结局会像蛋饼一样圆满吗?
很多人在深夜食堂相遇、相知,也学会成长。小美是一个调香师,她喜欢在食堂诉说自己的喜怒哀乐,尤其是和初恋学长的往事。面对这段遗憾的青春,小美也在食客们的帮助下逐渐释怀。“老牌绅士”的忠伯与菜场的海鲜老板莲婶最终相依为伴。莲婶的儿子开源为人老实憨厚,在食堂偶遇了带女儿来吃糖藕的单亲妈妈明月,爱慕就此在心中萌芽。而“海漂女孩”小雪的出现,也让阿信终于等到了音乐路上的知音……
大叔随着食堂的夜晚一起经历人来人往,满足食客们的味蕾,也见证了各式人生。而无论夜多深、路多远,大叔还会在食堂里继续倾听大家的故事。。