阿尔扎诺帝国帝国魔术学院的兼职讲师格伦·勒达斯是假自习之名行打瞌睡之实的惯犯。就算难得站上了讲台,他也是专搞直接把课本钉在黑板上之类的花招,耍废的程度连学生也不以为然。被这样的格伦惹恼的学生──有着“师见愁”之名的希丝缇娜·菲伊贝鲁向他提出了决斗。结果令人遗憾地,格伦以悬殊的差距吞下了败战……然而学校发生了前所未有的恐怖事件,学生也无一幸免地受到了波及。“不许伤害我的学生!”如此说的格伦于此时发挥了真正的本领!。在不远的未来,海平面原因不明地急速上升,导致了地表多数都沉入海中。 小时候因为事故而失去一条腿的少年・斑鸠夏生,厌倦了都市的生活,移居到了海边的乡村小镇。曾经身为海洋地质学家的祖母留给他的、就只有船、潜水艇还有债务。 夏生为了取回“失去的未来”,与迷之讨债人凯瑟琳一起,潜海前往据说保存着祖母遗产的海底仓库。 在那里,他遇到了一位沉睡在如同棺材一般装置中不可思议的少女“亚托莉”。她是一位构造精密到与人类别无二致,而又丰富感情的机器人。 从海底被打捞起来的亚托莉如是说到: “我想完成主人留给我的最后的命令。在此之前,我会成为夏生先生的腿!” 在一个逐渐沉入海中的平和小镇,少年和机器人少女的难忘夏日就这么开始了。。