1987年,踌躇满志的杰克·坎贝尔告别女友凯特,只身前往纽约打拼。13年后,杰克已然成为华尔街炙手可热的投资经纪人,他的事业一帆风顺,生活奢侈优渥,身边美女如云,俨然一个完美无瑕的成功人士。然而,就在圣诞夜的前两天,杰克的人生发生翻天覆地的变化。当他一觉醒来时,发现自己身在新泽西老家,凯特成为他的妻子,两人更育有两个可爱的孩子。全新而对立的人生让杰克无所适从,而他终将在金钱和亲情间做出抉择……。第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。