当阿兴在夜市遇见爱丽丝时,她看起来天真无邪,直到她让阿兴陷入一场神秘的游戏裡:随著《给爱丽丝》旋律响起,无止尽地追著她跑。他们穿越大街小巷,最后阿兴追著她来到这间公寓。阿兴不知道自己到底闯进了谁的房子,却惊觉到他已经无法回头…爱丽丝消失了,而他被警察逮捕…。。某天,毛利侦探事务所接到了知名舞台剧女演员牧树里的委托。委托内容是牧树里收到怪盗基德预告信,信中指出怪盗基德将在舞台上夺取牧树里佩带的蓝宝石戒指“命运的宝石”。于是毛利小五郎接受保护宝石的工作,依据毛利小五郎的推理,基德将在演出的最后一天前来盗取这颗无价的宝石。在演出的最后一天,毛利小五郎、小兰和柯南受邀观赏舞台剧,在剧场里错综复杂的人群中,基德到底会假扮成谁出现在大家面前,在紧张的埋伏等候中,出现在大家面前的竟然是工藤新一,柯南一方面必须保护宝石,另一方面又不能拆穿基德假扮的工藤新一,因为拆穿基德就等于公开自己身体缩小的秘密。柯南只好盯紧假的工藤新一,一刻都不能松懈。就在舞台剧即将落幕之前,柯南发现假的工藤新一不见了,随即追上,但却在一片混乱之中让基德逃脱了。不过,“命运的宝石”终究是保护住了,牧树里为了表示感谢,邀请毛利侦探前往北海道函馆的别墅度假,同行的还有一同演出的其他演员。就在大家都搭上飞机前往函馆的机舱时,一幕精心设计的杀人剧就在大家面前上演了。柯南除了要防止基德再度混入人群中,又要解开发生在飞机上的密室杀人事件,到底柯南要怎么行动呢?。民国初年,军阀罗蛮子得到了一只麻姑玉枕,便惦记上了棺山古墓,不惜四处拉壮丁强行开墓盗宝。退隐多年的张三爷,应师弟赫老鬼之邀,与徒弟二人奔赴龙塘乡。两个徒弟不忍珍宝被罗蛮子夺了去,于是夜访大帅府偷出了玉枕。张三爷无奈之下答应了赫老鬼的请求,想赶在罗蛮子之前找到麻姑墓,将墓中珍宝转移。可这场行动的背后,竟是赫老鬼与罗蛮子精心布置的陷阱……。