少年黄飞鸿自小聪颖正直,常和恶势力斗得头破血流。但作为一个孩子,他也有顽皮捣蛋的一面,每每闯了祸其母亲吴娴就帮他脱困,与黄飞鸿更似一对朋友,而黄飞鸿的父亲黄麒英则严肃古板得多。某日,黄麒英十三表叔的女儿十三姨从英国回来,寄居在黄麒英家里,受过西方教育的她热情奔放观念先进,很快融入黄家,唯独黄麒英对其过于新派的作风不以为意。谁知飞来横祸,吴娴葬身火海,黄家遭此突变,众人都难以接受。丧妻不久的黄麒英更是卷入一场杀人案,被疑为凶手。解救父亲并查明母亲被害事件的重任只得交由黄飞鸿和十三姨身上了……。年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲,不惜触犯炼金术中最大的禁忌,进行了人体炼成。可是炼成失败了,哥哥爱德华失去了左腿与右臂,弟弟阿尔冯斯失去了肉体,只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪,找回失去的一切,兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。
几年后,一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前,他被称作“钢之炼金术师”。。