一串悲凉的歌声诉说着蜘蛛城的历史预言。战国时期,处于密林围抱的蜘蛛城,地形复杂,敌军攻来此地,必然迷路,因此城主稳坐城楼,指挥若定,四面排出大将御敌,可保此城固若金汤。大将鹫津武时和副将三木因为平叛得力,准备回城领赏。途中,二人阴错阳差走入了密林深处,偶遇一白发老妪弹琴吟唱。他们觉得此事蹊跷,怀疑是敌方故布疑阵,因此上前以武力逼其就范。但此人却预言鹫津将夺城主之位,三木之子也将继承大统,正当两人将信将疑之时,此人化作一道白光销声匿迹。此后,回到城中,鹫津做了北城城主,但念及预言,心有不甘,于是在妻子浅茅的怂恿下,弑君,自立为蜘蛛巢城城主,然而这才只是预言的开始……。此版《源氏物语 千年之谜》由鹤桥康夫执导,不仅使用CG,还加入动作场面和科幻效果,制作费用高达十亿多日元(折合人民币7千8百多万),于2011年12月10日在日本全国公映。
影片把原著作者紫式部(中谷美纪 饰)身处的平安时期与光源氏(生田斗真 饰)所在天下相交错,两条线 索并行。一个空间中紫式部受藤原道长(东山纪之 饰)任命开始创作《源氏物语》,并与藤原道长发生了爱情牵绊。另一个空间是紫式部创作出的光源氏与藤壶女御(真木阳子 饰)、六条御息所(田中丽奈 饰)、夕颜(芦名星 饰)等众多女性的爱情纠葛。在关闭的创作进程中,紫式部现出了灵魂出窍的状态,与笔下对光源氏陷入苦恋而化为生灵的六条御息所的灵魂重叠。阴阳师安倍晴明(洼冢洋介 饰)发现了这个情况,开始追踪生灵……。