某个黑夜,一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件,这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”,甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际,安室透率领的日本公安赶到,间谍夺车逃跑,高速公路大桥上上演激烈追逐战,其他的车辆也被卷入其中,眼看要酿成惨重事故的瞬间,间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中,从大桥坠入海中。
第二天,柯南等人来到东都水族馆游玩,他们在巨大摩天轮底下,发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子,仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样,也就是俗称的“阴阳眼”。可是,这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态,带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆,柯南等人约好了和她同行。没想到,这一切都被贝尔摩德暗中监视着……。公元2029年,未来世界是高科技与信息化的世界。人类生活水平的提高伴随着犯罪活动的高科技化,于是,专门镇压高科技犯罪的特殊部队——公安9课成立了。队长草薙素子,作为一位全身“义体化”的女警,带领公安9课不断展开行动。
是次,公安9课帮助公安6课秘密解决了一位程序员外逃他国的麻烦琐事,又卷入传说中的黑客“傀儡师”的犯罪事件。当行动陷入僵局之际,傀儡师竟然不请自来,出现在公安9课!素子与她的战友们,不知不觉地被卷入了一场涉及政府的阴谋之中。。西暦2199年、地球は宇宙人・ガミラス帝国の侵略を受けていた。ガミラスは冥王星に前線基地を建設し、地球に対して遊星爆弾による無差別攻撃を加えていた。海は蒸発し地球は赤茶けた姿に変貌し、放射能汚染で地上の生物は死滅する。人類は地下都市を建設し、地球防衛軍を結成して抵抗を続けていたが、科学力の差の前になす術もなく、地下にも放射能汚染が進行し、人類の絶滅まであと一年余りと迫っていた。 最後の地球防衛艦隊が、冥王星空域でのガミラス宇宙艦隊との交戦で壊滅し、人類生存の希望は完全に潰えたかに見えた。しかし、この海戦の最中に外宇宙から飛来した一隻の宇宙船が火星に不時着、通信カプセルが回収される。その中にはイスカンダルから、「放射能除去装置・コスモクリーナーDを受け取りに来るように」との救援メッセージと、航海に必要な波動エンジンの設計図が納められていた。極秘裏に宇宙...。