凹凸世界的创世神是一位很肆意随性的神明。他创造了凹凸世界的无数星球和人民,又随心所欲毫无规律地统治着他们——他让有的星球富饶美丽,让有的星球贫瘠荒凉,让有的子民享受自由幸福,又让有的子民承担重税苦役。创世神设立了七神使,让他们代自己推行神的旨意但是,创世神也不是完全不给他的子民机会——如果有谁想改变自己的命运,实现自己的愿望,那么就去参加“凹凸大赛”吧!参赛者将得到大赛系统赐予的“特殊能力”,并锻炼运用各自的能力不断闯关战斗。只要能在凹凸大赛中获得最终的胜利,那么就能得到一切,并赐予你与“七神使”一样代神统治世界的权力。然而,这些都只是虚伪的表象……。故事发生在《终结者2》10年之后,终结者又回来了。
此时John Connor已经22岁,他的母亲去世后,他过着隐姓埋名的生活,不愿意面对即将到来的命运。但是,命运并不以他的意志为转移,“天网”经历了两个失败之后,派出了更为先进的T-X终结者来追杀他,人类也同样送回了T-800改良后的终结者T-850保护John。
John巧遇了儿时的伙伴,兽医Kate Brewster,Kate的父亲是美国军方“天网”系统的负责人,她本人也将成为人类叛军的副统领,理所当然成了T-X的打击对象。二人在T-850的保护下,开始了逃亡之路。
同时,美国电脑系统病毒入侵,人类束手无策之下准备启用“天网”,一旦“天网”接管美国军方防御系统,人类将首当其冲的被消灭。
面对已经发生的未来,John Connor和Kate Brewster决定奋起反抗,在T-850的帮助下,他们将又一次改变人类的命运。。