忍者は、存在しない。…と、我々は思っている。 仮に忍者が存在したところで、忍者はその姿を我々に晒すことはない。 だからこそ、忍者は『表向きには』存在しないのだ。 主人公、櫻羽一時は、我々と同じく忍者は存在しないと思っている、普通の男子。 彼には普通の、幸せで輝かしい日々が約束されている…はずだった。 ある日、一時は命を狙われ、それが甲賀忍者の仕業であると聞かされる。 なぜ一時は命を狙われたのか?それは…彼が由緒正しき、伊賀忍者第19代正当後継者だったからなのだ! 伊賀と甲賀は長年対立しており、甲賀は伊賀を侵略しようとしている。 一時が生きるためには…自らも忍者になるしかない! こうして、誰も知らない忍者の世界に身を投じる一時。 一人前の忍者となるべく学び、戦い、苦難に立ち向かう。 だがそれは、一時が辿る過酷な運命の、ほんの序章でしかなかった…。。A.D.2199 Dec 一年の締め括り、街は新年への期待で活気づいていた。 そんな最中をSS級の統制機構反逆者にして史上最高額の賞金首、「ラグナ=ザ=ブラッドエッジ」が第十三階層都市「カグツチ」に出現したという情報が走り抜ける。 対象「ラグナ=ザ=ブラッドエッジ」は別名「死神」と称され、その行動目的は統制機構の壊滅といわれている。 対象に懸けられた高額な賞金や彼の所有する絶対無比の力を持つ魔道書を狙い、様々な者達がここ第十三階層都市「カグツチ」に集結する。。