故事描述在二次大戰晚期,敏子跟她的家人住在東京的市中心。那時,日本瀕臨戰敗的邊緣,民眾飽受無情的戰火摧殘民不聊生,民生物資極度缺乏。許多家庭的男丁都接受政府徵召為國出征,只留下老弱婦孺獨自守護殘破的家園。 一九四五年三月十號,敏子的母親和兩個妹妹都在東京的一場大轟炸中喪生。頓失至親的敏子在偶然的一天,回到殘破的家園裡撿起被戰火燒到變形的「玻璃兔」,讓她領悟到戰爭的可怕與無情。 當她被迫撤離到郊區的時候,他的父親卻在往車站的途中遭美軍殺害了,年紀小小的敏子一夕之間失去至親,還得獨立料理父親的後事,孓然一身的敏子感到十分的孤單,生無可戀。但只要回想起那些在戰火中死去的親人們,她只能放下她的孤寂與悲傷,重新振作…然而,戰火的無情與殘酷,往往附加在人們的私慾與錯誤的抉擇上…。。在这个世界中,除了人类和妖怪外,还存在着另一个物种——人类和妖怪结合产生的返祖妖怪。由于其不纯正的血统,返祖妖怪经常会被同类驱逐甚至追杀,因此,一间专门为返祖妖怪提供庇护的“妖馆”应运而生。在妖馆中,每一个返祖妖怪都会配有一位被称为SS的护卫,白鬼院凛凛蝶(日高里菜 配音)和御狐神双炽(中村悠一 配音)的故事就由此开始。
在妖馆中,还居住着另一些有趣的住客。性格优哉游哉但其实有着意外细腻内心的反之冢连胜(细谷佳正 配音)和他的护卫雪小路野蔷薇(日笠阳子 配音);不良正太渡狸卍里(江口拓也 配音)和他的护卫夏目残夏(宫野真守 配音);狂放不羁甚至有些变态的青鬼院蜻蛉(杉田智和 配音)和他倒霉的护卫髅髅宫歌留多(花泽香菜 配音)。在和这些同类相处的过程中,凛凛蝶找回了久违的快乐,同时,返祖妖怪们丢失的记忆也逐渐的浮出了水面。。