1943年秋,日伪苏城清乡总指挥李世林因侵吞军饷败露,被日军毒杀。李的亲信秘书戴遂昌侥幸躲过捕杀,逃跑途中被我新四军武工队在我湖山根据地擒获。由于戴遂昌掌握了日军在苏城地区的军事部署和日伪与国民党顽固派暗中勾结的证据,军分区命令我湖山县委务必保证戴的安全,三天后派部队来转移戴遂昌。日军苏城宪兵司令部派出秘密行动组潜入湖山追捕戴遂昌;国民党顽固派恐其与日伪勾结的阴谋败露,秘令苏城特派员顾维民全力营救戴遂昌,营救不成则秘密除掉;而潜伏在湖山的日伪内奸也受命启动。我湖山县委保卫科长沈英杰受命保护戴遂昌,他和他的战友在三天中与日军、国民党顽固派和潜伏的日伪内奸展开了一系列惊心动魄的搏杀,最终完成了任务。。就快放暑假了,小学生上原康一在放学回家的路上捡到一块大石头。他把石头带回了家,没想到用水一洗,里面竟跳出一只小河童来。小河童对他“咕”的叫了一声,于是康一就给它取名为“小咕”。
小咕会说人类的语言,几百年来他一直被埋在在地下。康一很快就和小咕成了好朋友,他们一起洗澡,一起吃饭,一起睡觉。而其它家庭成员也接受了小咕,小河童成了上原一家的秘密。
一天,小咕提出想回家和伙伴们在一起。康一为了让小咕了解外面的世界,悄悄把它带了出去。小咕发现环境已经面目全非,大吃了一惊,这个不适合就河童生存的地方根本就找不到伙伴。看到小咕难过,康一也不好受。他和小咕一起外出旅行,来到了还保存着河童传说的远野县。两人在美丽的大自然中找到了适合河童生活的地方,小咕愉快地在清澈的河里游了起来,康一也为它高兴。可是,在这里也怎么都找不到其它河童。康一听到村民们说“抓住一只河童能得一千万呢!”,赶忙带着小咕离开了那里。
回到家,康一讶异地撞见了一个小报记者。原来那人听说上原家养着一只河童,一定要拍照。小咕的秘密终于被大家知道了。康一的爸爸被公司勒令一定要让河童上电视。为了上原一家,小咕答应参加电视节目。然而在到场嘉宾里,它看到了一个长得很像杀父凶手的人。就在小咕被恐惧包围的时候,电视节目现场发生了意外。它拼命逃到了外面,然而无论跑到哪里都会看到黑压压的人群。
为了摆脱让它害怕的人类,小咕爬上了东京塔。夏季的烈日照得它精疲力竭。小咕俯瞰着城市,独自低语道:“哪里都找不到一个安静的地方,这里是人类的窝。我已经不行了。我要去爸爸那里……”。