港湾都市“里布拉市”。作为政治经济文化中心将城市中的“富”集结起来的“上城”,以及充斥着渎职和犯罪、人们不得不互相猜疑的“外围”,分隔这两个区域的巨大运河以及一座“桥”。由这些所构成,正可谓是将人类的“差别意识”表面化的城市。 从“上城”前往“外围”赴任的年轻女刑警·索妮娅,在追查种种事件的过程中,遇到了为保护人类而战的三个丑陋的人。他们究竟是什么人……? 这三个“妖怪人”,各怀心思地隐藏真身生活着。希望通过铲除为害人间的“恶”而成为人类的“贝姆”;憧憬人类,希望通过和人类上同样的学校来理解人类,以成为人类为目标的“贝拉”;看透人类和世间,冷淡地沉浸于游戏世界的“贝罗”。他们在各种各样的事件中,以及与人类相互接触的过程中,不断受伤,不断烦恼。即使为了人类而战,但他们丑陋的样貌决不可能被人类所接纳……。 有一个人正寻找着这样的三人。操纵着暗中控制里布拉...。平凡的一天,出木杉君带来了《乌托邦》这本小说,为同学们讲述理想国的故事。那个没有考试和学校的国度,深深吸引着吊车尾的大雄。偶然机缘,大雄在后山看到了一个新月形状的悬浮物停在空中,随后很快消失。这个发现让他无比兴奋,于是认定这就是传说中的乌托邦。他拜托哆啦A梦寻找历史上的相关报道,随后又买来时空穿梭飞艇,和胖虎、小夫、静香前往新闻中各个时代的目击点寻找新月形悬浮物。但是大多数发现都是自然现象或者人工产物,似乎天空的乌托邦真的就只是一个传说。
直到某天,那个悬浮物再度出现,引领少年们开启一段全新的冒险……。