第二集中,尼奥(基努·里维斯 Keanu Reeves 饰)没有能从内部摧毁“母体”,他的身体在真实世界的飞船上陷于昏迷,思想却被困在介于“母体”和真实世界的中间地带,这个地方由“火车人”控制。墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 饰)和崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰)等人知道了尼奥的情况,在守护天使的带领下, 找到了“火车人”的控制者梅罗纹奇,经过一番激斗,将尼奥救了出来。
此时,电子乌贼部队对锡安发起了猛烈的攻击,人类组织所有机甲战士展开顽强的抵抗,形势危在旦夕;尼奥和崔妮蒂驾驶了一艘飞船克服重重困难,到达机器城市,尼奥终于见到了机器世界的统治者“机器大帝”,双方谈判并达成了协议:尼奥除掉不受“母体”控制的史密斯,以换取锡安的和平。
在“母体”中,尼奥和史密斯展开了关系人类生死存亡的最后决斗。。原来的广告界精英大保(黎明 饰)因事业失败加入了失业大军,见他整日无所事事,好友心怡(宣萱 饰)介绍他到一所中学担任代课老师。想想反正闲来无事,大保爽快答应了。学校里青春烂漫的学生勾起了大保的青春回忆,充满朝气的校园更使他重新振作。在学校工作时大保认识了热心的社工同心(李绮虹 饰)。在同心的感染下,大保对学生尤其是成绩不好的学生更加用心,他的真诚和热心渐渐获得学生认可,成了学校了最受欢迎的老师之一。
日久相处中,大保爱上了同心,可惜同心早已有了男友建材,大保只能在一旁默默的爱着她。其实,同心也渐渐爱上了热忱善良的大保,两人在微妙的感情中,最终何去何从?。