半岛大厦天井,警员徐泰被发现时身负重伤,奄奄一息。同时,警方还在现场找到了昏迷不醒的督察凌光。结合近期发生的电钻杀人案,警方怀疑此案为同一凶手所为。凌光苏醒后失忆,导致其无法解释与徐泰相会之事,因此陈安哲等警员指责其为凶手。余总警司让他不要插手此案。凌光深感委屈,身边只剩好友阿鬼力挺。记事簿显示,凌光在案发时均在请假,他询问妻子希爱和养子仔仔希望唤起当时的记忆,无济于事。他的脑中不停闪现血腥场面,精神极度失控,不但冷淡妻儿,而且忽视了刚离婚的妹妹凌敏。收集证据时,凌光赫然发现,几名死者竟然跟自己有着特殊的关系,而且这背后还隐藏着更大的阴谋……。某个黑夜,一名间谍潜入日本警察机关企图盗取一份机密文件,这份文件内容中含有英国“MI6”、德国“BDN”、美国“CIA”,甚至还有“FBI”等各国谍报机构的相关人员名单。千钧一发之际,安室透率领的日本公安赶到,间谍夺车逃跑,高速公路大桥上上演激烈追逐战,其他的车辆也被卷入其中,眼看要酿成惨重事故的瞬间,间谍的车被FBI赤井秀一用来复枪射中,从大桥坠入海中。
第二天,柯南等人来到东都水族馆游玩,他们在巨大摩天轮底下,发现了一位独自一人又负伤的漂亮女子,仔细一看她的两只眼睛的瞳孔颜色不一样,也就是俗称的“阴阳眼”。可是,这位女子已经是连自己名字都不记得的失忆状态,带的手机也已经损坏。为了帮助她找回记忆,柯南等人约好了和她同行。没想到,这一切都被贝尔摩德暗中监视着……。