明朝,孝宗弘治年间,京城城郊的一座大寺院“迦叶寺”以严谨著称,但有一人却机灵古怪,以打破寺规为乐,他就是不懂(张卫健 饰)。不懂的存在给整个寺院带来生气,也因一次偶然的机会,帮助孝宗皇帝度过了难关。
对不懂颇为信任的孝宗皇帝让不懂帮其去江南寻找一名会种极品茶花的人。这关联着孝宗皇帝的一段往事和其骨肉。阴差阳错的,不懂成为了观自在书屋的老师,授课的同时,边调查孝宗皇帝交代的事情。起初只想赶快回迦叶寺的不懂也在和学生们的相处中,渐渐爱上了教书的工作,也结识了各具特色的伙伴。而另一边,朝廷却不太平,权利真斗的背后,许多真相开始浮出水面,并且与不懂有关……。前人类和普通人类的人种战争已经到了白热化的阶段,野野村组长去世后,吉川(北村一辉 饰)、当麻纱绫(户田惠梨香 饰)和濑文焚流(加濑亮 饰)等人聚在未详总部,苦苦思索J教授的真身。谁知就在当麻刚刚弄清真相的同时,警察医院内的成年和儿童SPEC持有者遭到残忍屠戮。愤怒的当麻无法抑制体内被封印的SPEC,她狂乱暴走,继而现身御前会议。在犹大、世界(向井理 饰)、润(大岛优子 饰)的见证下,法蒂玛第三预言实现了。恐怖刺眼的蘑菇云在上空升起,成千上万的八尺乌遮天蔽日,被欲望所支配与荼毒的世界迎来了毁灭时刻。
在命运的交叉点,当麻和焚流能否阻止世界的灭亡?。