故事的主人公是喜欢魔法的高中生黒羽快斗,他的父亲是在8年前因事故而死亡的大魔法师·黒羽盗一。某日,他在房间一栋隐秘门中发现传说中的怪盗基德的衣服,于是他打算会见基德。在那里,他遇到了父亲过去的同伴·寺井,并得知父亲就是怪盗基德,而且死因不是事故死而是他杀。于是,快斗为查出杀害父亲的犯人,而自己成为了基德。
本作和《名侦探柯南》有不少共通点。例如怪盗基德在两作中均有出现、迷之组织的登场、主人公真正身份不被世人所知,等等,感觉就像是融合了魔法元素的柯南。。平行空间管理机构的高级沟通者林江,为了拯救同为沟通者但身患绝症的爱人来到另一个平行空间,想获取该空间中小夏(这个空间中的冯夕)的器官为冯夕做移植。守护该平行空间的沟通者隐士陈安,乔装改扮,来查明林江非法闯入的目的。 罗杰带人来该空间支援,与林江谈话中告知要毁灭底层空间去往高层空间的计划,二人反目,激战中林江受伤逃走,林江找到冯夕和陈安将罗杰的计划告知,陈安深知事情不是自己所能处理的。于是联系其它空间的隐士前来一起处理这件事。罗杰找到陈安等人的藏身处,将众隐士及林江击伤。危难时冯夕用自己做人质救下了大家,罗杰带冯夕离去...。