恐龙大闹圣地亚哥事件四年后,一名小男孩玩滑翔翼不幸失踪在索纳岛上。他的父母请求恐龙专家格兰特博士前往搭救。格兰特博士无论如何也不愿再返回那个鬼地方。虽然发下重誓,但现状不得不让他收回誓言。他的一项史前动物研究陷入资金紧张的窘境。而这时,富有的商人保罗·科比及其夫人阿曼达找到格兰特,邀请他作为向导带他们乘飞机前往索纳岛观光。一方面酬劳颇丰,一方面又得知不用着陆小岛,好了伤疤忘了疼的格兰特接受了他们的邀请。然而事情却朝相反的方向发展,他们的飞机最终迫降小岛。至此他才得知,原来科比夫妇来此的目的竟是为了寻找失踪的儿子。与此同时他还发现,经过八年的自然进化,恐龙中最聪明的速龙竟然拥有了自己赖以交流的语言。这一次他的对手不仅凶恶,而且更为狡猾。。在名为斯沃罗夫的小岛上,生活着一个名叫弗林德·洛克伍德青年,他从小就想法多多,热衷各种各样的科学发明,比如不用鞋带的鞋子、能够自动行走的电视、飞行汽车、猴子语言翻译器等。想法虽好,但通常都以失败和灾难告终。母亲生前对他的鼓励令弗林德从不灰心,他屡挫屡勇,在科学发明的天地里自得其乐。不过,老爸再也无法忍受儿子无休止的折腾,他要求弗林德在自家的店里帮忙。与此同时,为了解决当地食物匮乏的问题,弗林德偷偷进行着超级食物机的研究。在最新的尝试中,弗林德毁掉了刚刚揭幕的沙丁鱼乐园,不过他的实验也取得成效。众目睽睽之下,天空下起了令人难以置信的汉堡包雨!一切都变得有趣起来……。