光和2年。 世界以重组的超合众国为中心统一,讴歌着和平的日子。 但和平却突然宣告结束。以面具男·零的身份随娜娜莉同行去难民营慰问的朱雀,被谜之Knightmare Frame打败, 两人被带走了。 奉修奈泽尔的密命潜入战士之国·吉尔克斯坦王国的卡莲、罗伊德、咲世子,遭到神秘的Geass使用者袭击。 而被袭击者称作“前向主”的C.C.也在那里。 以曾经连神圣布里塔尼亚帝国的大军都击溃过的无敌王国为舞台,人们所描绘的愿望,是希望还是绝望? 知晓Geass之事的吉尔克斯坦王宫众人,以及C.C.的心思究竟是——。。静静的宇宙,一艘名叫“贝蒂”的太空船正在飞向“御夫座”星球。船上躺着数十个被麻醉冻僵了的地球人,他们全然不知即将到来的灾难。原来,丧尽天良的军方和商人将这些人诱拐过来,要送到“御夫座”上孵化异形女皇两百年前生下的蛋。
雷普莉已成为了异形女皇生下的转世为人的异形人。她的基因里带上了异形的基因,变得特别强壮、忽明忽暗,成了“双面人”。“贝蒂”上有个叫考尔的年轻女人,正在设法破坏孵化异形蛋计划。当“贝蒂”来到“御夫座”,意想不到的情形发生了!。